Kynnys ry on toteuttanut kehitysyhteistyöhankkeita 1980-luvun lopulta lähtien. Kynnys saa hankkeisiin tukea ulkoasiainministeriöltä.
Tällä hetkellä Kynnyksellä on hanke Keski-Aasiassa ja kumppanuusohjelma Etiopiassa. Keski-Aasian hankeyhteistyö tukee vammaisten naisten järjestöjä viidessä Keski-Aasian maassa: Kazakstanissa, Kirgisiassa, Tadzikistanissa, Uzbekistanissa ja Turkmenistanissa. Etiopian kumppanuusohjelman kautta tuetaan sekä vammaisliikettä että kohdennetusti vammaisia opiskelijoita, vammaisia naisia sekä kuurosokeita vammaisia.
Kynnys ry:n kehitysyhteistyö on osa Vammaiskumppanuutta eli seitsemän suomalaisen vammaisjärjestön kehitysyhteistyöohjelmaa.